Fix empty cardinal tokens and lemmas in FilterKeys

For example:

1000 1143

was after filtering:

	1143

Disadvantage (and funny result) of implicit typing in Groovy.

Change-Id: I328cd3babb7de472a6e2ff2914f7559a954c4c8e
diff --git a/src/main/groovy/org/ids_mannheim/FilterKeys.groovy b/src/main/groovy/org/ids_mannheim/FilterKeys.groovy
index 1852f2d..ed0765e 100755
--- a/src/main/groovy/org/ids_mannheim/FilterKeys.groovy
+++ b/src/main/groovy/org/ids_mannheim/FilterKeys.groovy
@@ -116,7 +116,7 @@
                             log.info("Printing ${outNames[i]}")
 
                             for (int k : 0..myKeys[i].size()) {
-                                if (myKeys[i][k]) outStream.println("${keyArrays[i][k] - maxSpecialKeys}\t${k - maxSpecialKeys}")
+                                if (myKeys[i][k]) outStream.println("${keyArrays[i][k]}\t${k - maxSpecialKeys}")
                             }
                             outStream.close()
                             log.info("Done printing ${outNames[i]}")
diff --git a/src/test/java/org/ids_mannheim/PseudonymizeTest.java b/src/test/java/org/ids_mannheim/PseudonymizeTest.java
index b7aaef1..a105d20 100644
--- a/src/test/java/org/ids_mannheim/PseudonymizeTest.java
+++ b/src/test/java/org/ids_mannheim/PseudonymizeTest.java
@@ -1,5 +1,8 @@
 package org.ids_mannheim;
 
+import org.apache.commons.compress.compressors.CompressorException;
+import org.apache.commons.compress.compressors.CompressorInputStream;
+import org.apache.commons.compress.compressors.CompressorStreamFactory;
 import org.junit.jupiter.api.AfterAll;
 import org.junit.jupiter.api.BeforeAll;
 import org.junit.jupiter.api.Test;
@@ -7,10 +10,11 @@
 
 import static org.junit.jupiter.api.Assertions.*;
 
-import java.io.ByteArrayOutputStream;
-import java.io.File;
-import java.io.PrintStream;
+import java.io.*;
+import java.nio.charset.StandardCharsets;
+import java.nio.file.Files;
 import java.nio.file.Path;
+import java.nio.file.Paths;
 import java.util.concurrent.ConcurrentHashMap;
 import java.util.logging.Logger;
 
@@ -46,6 +50,44 @@
     }
 
     @Test
+    void cardinalsArePseudonymizedCorrectlyTest() {
+        GeneratePseudonymKey.main(new String[]{"src/test/resources/cardinals_test_lemma_pos_freqs.tsv.gz"});
+        assertTrue(outContent.toString().contains("\n1000\t1"));
+    }
+
+    @Test
+    void filterTest() throws IOException, CompressorException {
+        final String TOKEN_KEY = "cardinals_token_key.tsv.gz";
+        final String LEMMA_KEY = "cardinals_lemma_key.tsv.gz";
+
+        Path tmpDir = Files.createTempDirectory("totalngrams");
+        String tmpDirPath = Files.createTempDirectory("totalngrams").toFile().getAbsolutePath();
+        Files.copy(Path.of("src/test/resources/"+ TOKEN_KEY), Paths.get(tmpDirPath, TOKEN_KEY));
+        Files.copy(Path.of("src/test/resources/"+ LEMMA_KEY), Paths.get(tmpDirPath, LEMMA_KEY));
+        FilterKeys.main(new String[]{
+                "-k", String.valueOf(Paths.get(tmpDirPath, TOKEN_KEY)),
+                "-k", String.valueOf(Paths.get(tmpDirPath, LEMMA_KEY)),
+                "src/test/resources/pseudo_cardinals_test_lemma_pos_freqs.0.tsv.gz"
+        });
+        CompressorInputStream inputStream = new CompressorStreamFactory().createCompressorInputStream(new BufferedInputStream(new FileInputStream(Paths.get(tmpDirPath, "cardinals_token_key.0.tsv.gz").toFile())));
+        String filteredKeys = new String(inputStream.readAllBytes(), StandardCharsets.UTF_8);
+        assertEquals (
+                "123\t0\n" +
+                "1000\t1\n" +
+                "Anfang\t2\n" +
+                "Ende\t3\n", filteredKeys);
+
+        inputStream = new CompressorStreamFactory().createCompressorInputStream(new BufferedInputStream(new FileInputStream(Paths.get(tmpDirPath, "cardinals_lemma_key.0.tsv.gz").toFile())));
+        filteredKeys = new String(inputStream.readAllBytes(), StandardCharsets.UTF_8);
+        assertEquals (
+                "123\t0\n" +
+                        "1000\t1\n" +
+                        "Anfang\t2\n" +
+                        "Ende\t3\n", filteredKeys);
+        Files.delete(tmpDir);
+    }
+
+    @Test
     void readKeyTest() {
         ConcurrentHashMap map = (ConcurrentHashMap) Pseudonymize.readKey("src/test/resources/token.keys.gz", Logger.getLogger(""));
         assertEquals(936, map.get("längst"));
diff --git a/src/test/resources/cardinals_lemma_key.tsv.gz b/src/test/resources/cardinals_lemma_key.tsv.gz
new file mode 100644
index 0000000..86a9033
--- /dev/null
+++ b/src/test/resources/cardinals_lemma_key.tsv.gz
Binary files differ
diff --git a/src/test/resources/cardinals_test_lemma_pos_freqs.tsv.gz b/src/test/resources/cardinals_test_lemma_pos_freqs.tsv.gz
new file mode 100644
index 0000000..0c1a77a
--- /dev/null
+++ b/src/test/resources/cardinals_test_lemma_pos_freqs.tsv.gz
Binary files differ
diff --git a/src/test/resources/cardinals_token_key.tsv.gz b/src/test/resources/cardinals_token_key.tsv.gz
new file mode 100644
index 0000000..86a9033
--- /dev/null
+++ b/src/test/resources/cardinals_token_key.tsv.gz
Binary files differ
diff --git a/src/test/resources/pseudo_cardinals_test_lemma_pos_freqs.0.tsv.gz b/src/test/resources/pseudo_cardinals_test_lemma_pos_freqs.0.tsv.gz
new file mode 100644
index 0000000..37f2cc7
--- /dev/null
+++ b/src/test/resources/pseudo_cardinals_test_lemma_pos_freqs.0.tsv.gz
Binary files differ
diff --git a/src/test/resources/token_lemma_pos_freqs.tsv b/src/test/resources/token_lemma_pos_freqs.tsv
new file mode 100644
index 0000000..dd270e9
--- /dev/null
+++ b/src/test/resources/token_lemma_pos_freqs.tsv
@@ -0,0 +1,1000 @@
+.	.	$.	134870098
+,	,	$,	126965247
+der	die	ART	64935117
+die	die	ART	54882541
+und	und	KON	50302414
+"	"	$(	40678679
+in	in	APPR	38193220
+den	die	ART	25292562
+:	:	$.	21626291
+mit	mit	APPR	19625776
+von	von	APPR	19157920
+im	in	APPRART	18037208
+ist	sein	VAFIN	17353539
+für	für	APPR	16924040
+sich	sich	PRF	16212656
+(	(	$(	15377880
+)	)	$(	15275201
+auf	auf	APPR	15007940
+Die	die	ART	14561658
+das	die	ART	14284512
+dem	die	ART	14118070
+des	die	ART	13920089
+nicht	nicht	PTKNEG	13405372
+ein	eine	ART	12464158
+es	es	PPER	11647940
+eine	eine	ART	11351762
+auch	auch	ADV	11248024
+zu	zu	PTKZU	10610573
+-	-	$(	10082587
+«END»	«END»	«STARTEND»	9998210
+«START»	«START»	«STARTEND»	9998210
+am	an	APPRART	9425418
+an	an	APPR	8431023
+als	als	KOKOM	8079723
+Der	die	ART	8076204
+hat	haben	VAFIN	7952538
+bei	bei	APPR	7911967
+aus	aus	APPR	7607936
+sie	sie	PPER	7390849
+dass	dass	KOUS	7329041
+er	er	PPER	7278803
+wird	werden	VAFIN	6980686
+sind	sein	VAFIN	6975732
+die	die	PRELS	6944929
+nach	nach	APPR	6866638
+zum	zu	APPRART	6540389
+zu	zu	APPR	6441894
+'	"	$(	6339130
+noch	noch	ADV	6280680
+einem	eine	ART	6001379
+war	sein	VAFIN	5947381
+einen	eine	ART	5828694
+Uhr	Uhr	NN	5722208
+einer	eine	ART	5598961
+über	über	APPR	5277361
+werden	werden	VAINF	5217755
+so	so	ADV	5167967
+um	um	APPR	4955525
+vor	vor	APPR	4898192
+nur	nur	ADV	4632442
+oder	oder	KON	4438059
+/	/	$(	4013128
+wurde	werden	VAFIN	3999098
+zur	zu	APPRART	3988071
+Das	die	ART	3973952
+wie	wie	KOKOM	3895938
+man	man	PIS	3814259
+In	in	APPR	3800160
+haben	haben	VAFIN	3786224
+?	?	$.	3754716
+Sie	Sie	PPER	3683492
+bis	bis	APPR	3643223
+gegen	gegen	APPR	3409425
+wir	wir	PPER	3338930
+Euro	Euro	NN	3269830
+der	die	PRELS	3252080
+aber	aber	ADV	3247113
+hatte	haben	VAFIN	3233880
+unter	unter	APPR	3177003
+das	die	PDS	3157737
+mehr	mehr	ADV	3143033
+Es	es	PPER	3130583
+ich	ich	PPER	3062209
+kann	können	VMFIN	3041118
+vom	von	APPRART	3023538
+wieder	wieder	ADV	3021268
+durch	durch	APPR	2970343
+sei	sein	VAFIN	2960691
+schon	schon	ADV	2889005
+Das	die	PDS	2852465
+werden	werden	VAFIN	2833972
+Jahr	Jahr	NN	2720221
+zwei	zwei	CARD	2699589
+Jahren	Jahr	NN	2699376
+beim	bei	APPRART	2602426
+„	"	$(	2554191
+habe	haben	VAFIN	2534052
+gibt	geben	VVFIN	2532084
+dann	dann	ADV	2526097
+Im	in	APPRART	2509477
+Und	und	KON	2452135
+ihre	ihr	PPOSAT	2365367
+Ein	eine	ART	2355460
+wenn	wenn	KOUS	2288090
+sein	sein	VAINF	2282922
+Wir	wir	PPER	2277192
+immer	immer	ADV	2274314
+um	um	KOUI	2266969
+seine	sein	PPOSAT	2262165
+Mit	mit	APPR	2254849
+sagt	sagen	VVFIN	2239457
+soll	sollen	VMFIN	2233378
+Ich	ich	PPER	2155978
+“	"	$(	2126623
+wie	wie	KOUS	2079441
+Er	er	PPER	2062400
+Auch	auch	ADV	2059436
+Prozent	Prozent	NN	2036184
+waren	sein	VAFIN	1995451
+Jahre	Jahr	NN	1994129
+drei	drei	CARD	1985477
+1	1	CARD	1960724
+an	an	PTKVZ	1927839
+sagte	sagen	VVFIN	1904814
+keine	keine	PIAT	1851886
+will	wollen	VMFIN	1823589
+seiner	sein	PPOSAT	1807407
+wurden	werden	VAFIN	1798562
+Für	für	APPR	1793411
+seit	seit	APPR	1760862
+ersten	erst	ADJA	1751929
+muss	müssen	VMFIN	1748368
+Nach	nach	APPR	1743027
+sehr	sehr	ADV	1736639
+diesem	dies	PDAT	1730038
+aber	aber	KON	1726612
+;	;	$.	1725235
+Am	an	APPRART	1706308
+haben	haben	VAINF	1694941
+geht	gehen	VVFIN	1691516
+neue	neu	ADJA	1661141
+dieser	dies	PDAT	1660179
+bis	bis	KON	1645982
+bereits	bereits	ADV	1629306
+aus	aus	PTKVZ	1610612
+2	2	CARD	1598895
+nun	nun	ADV	1596394
+gut	gut	ADJD	1593082
+sowie	sowie	KON	1578866
+eines	eine	ART	1572205
+Menschen	Mensch	NN	1571952
+können	können	VMFIN	1566927
+jetzt	jetzt	ADV	1545822
+zwischen	zwischen	APPR	1542208
+ins	in	APPRART	1534851
+Bei	bei	APPR	1528235
+Zeit	Zeit	NN	1524663
+heute	heute	ADV	1522012
+Stadt	Stadt	NN	1505392
+0	@card@	CARD	1485903
+Eine	eine	ART	1484096
+So	so	ADV	1477914
+neuen	neu	ADJA	1464788
+!	!	$.	1464000
+Von	von	APPR	1461367
+Kinder	Kind	NN	1453661
+worden	werden	VAPP	1430131
+rund	rund	ADV	1428858
+ihren	ihr	PPOSAT	1418345
+alle	alle	PIAT	1413117
+seinen	sein	PPOSAT	1393949
+diese	dies	PDAT	1372715
+Ende	Ende	NN	1346568
+das	die	PRELS	1339700
+ab	ab	APPR	1331031
+selbst	selbst	ADV	1327534
+20	20	CARD	1322815
+ganz	ganz	ADV	1322696
+ein	ein	PTKVZ	1314240
+sein	sein	PPOSAT	1296212
+was	was	PRELS	1287289
+Millionen	Million	NN	1285763
+ihrer	ihr	PPOSAT	1277637
+seinem	sein	PPOSAT	1255146
+steht	stehen	VVFIN	1254490
+hatten	haben	VAFIN	1238632
+etwa	etwa	ADV	1224389
+sondern	sondern	KON	1223450
+weil	weil	KOUS	1198041
+hier	hier	ADV	1195979
+Auf	auf	APPR	1183078
+Doch	doch	KON	1183073
+viele	viele	PIAT	1182255
+Sonntag	Sonntag	NN	1180337
+vier	vier	CARD	1178852
+damit	damit	PAV	1169324
+einmal	einmal	ADV	1154737
+dabei	dabei	PAV	1143914
+Deutschland	Deutschland	NE	1120455
+ihr	ihr	PPOSAT	1118998
+auf	auf	PTKVZ	1118755
+können	können	VMINF	1094804
+ohne	ohne	APPR	1087034
+Samstag	Samstag	NN	1073700
+Aber	aber	KON	1071235
+beiden	beide	PIAT	1070707
+allem	alle	PIS	1070681
+Wenn	wenn	KOUS	1065514
+kommt	kommen	VVFIN	1055163
+gab	geben	VVFIN	1051537
+erst	erst	ADV	1049944
+000	@card@	CARD	1046672
+ihn	er	PPER	1042207
+ihm	er	PPER	1035172
+müssen	müssen	VMFIN	1029637
+Als	als	KOKOM	1018171
+seien	sein	VAFIN	1014384
+Platz	Platz	NN	1011427
+–	-	$(	1008109
+konnte	können	VMFIN	1004463
+gestern	gestern	ADV	980775
+fünf	fünf	CARD	972959
+Polizei	Polizei	NN	971970
+vergangenen	vergangen	ADJA	971553
+dort	dort	ADV	960519
+als	als	KOUS	960222
+kein	keine	PIAT	957166
+15	15	CARD	955158
+sollen	sollen	VMFIN	954264
+werde	werden	VAFIN	947909
+ab	ab	PTKVZ	946762
+wegen	wegen	APPR	929778
+alles	alle	PIS	921650
+Frau	Frau	NN	919357
+letzten	letzt	ADJA	912130
+machen	machen	VVINF	902325
+Tag	Tag	NN	900553
+dafür	dafür	PAV	892307
+Mann	Mann	NN	884471
+kam	kommen	VVFIN	879104
+vor	vor	PTKVZ	872717
+mehr	mehr	PIAT	866005
+3	3	CARD	862860
+uns	wir	PPER	862502
+ihrem	ihr	PPOSAT	861818
+wo	wo	PWAV	859948
+dazu	dazu	PAV	859402
+stehen	stehen	VVFIN	858379
+18	18	CARD	858196
+da	da	ADV	845073
+Freitag	Freitag	NN	842048
+Leben	Leben	NN	838458
+erste	erst	ADJA	837328
+doch	doch	ADV	834133
+dieses	dies	PDAT	830928
+Berlin	Berlin	NE	825634
+wäre	sein	VAFIN	824849
+Wer	wer	PWS	824509
+weiter	weiter	ADV	824011
+Straße	Straße	NN	820379
+großen	groß	ADJA	816552
+1.	1.	ADJA	815810
+zehn	zehn	CARD	815802
+sollte	sollen	VMFIN	815649
+wollen	wollen	VMFIN	805919
+uns	wir	PRF	802643
+’	'	$(	798958
+...	...	$.	797422
+ob	ob	KOUS	797307
+10	10	CARD	797225
+Spiel	Spiel	NN	796452
+jedoch	jedoch	ADV	794324
+könnte	können	VMFIN	787573
+Was	was	PWS	786951
+findet	finden	VVFIN	781931
+Welt	Welt	NN	779356
+14	14	CARD	778193
+Denn	denn	KON	777664
+mal	mal	ADV	777618
+allerdings	allerdings	ADV	772870
+lassen	lassen	VVINF	771577
+nichts	nichts	PIS	768852
+macht	machen	VVFIN	767877
+fast	fast	ADV	767441
+Land	Land	NN	763242
+Mal	Mal	NN	760306
+große	groß	ADJA	755959
+etwas	etwas	ADV	754275
+‘	'	$(	752739
+Arbeit	Arbeit	NN	749835
+zwar	zwar	ADV	748414
+4	4	CARD	747607
+Thema	Thema	NN	738446
+weitere	weit	ADJA	737422
+dpa	dpa	NE	734166
+ja	ja	ADV	734089
+>	>	$(	731225
+Da	da	ADV	730540
+würde	werden	VAFIN	728862
+sogar	sogar	ADV	723135
+Geld	Geld	NN	719845
+September	September	NN	718819
+Seite	Seite	NN	717051
+Foto	Foto	NN	716211
+Woche	Woche	NN	715870
+anderen	andere	PIAT	714319
+St.	St.	NE	708260
+17	17	CARD	706267
+zweiten	zweit	ADJA	705908
+Zum	zu	APPRART	704062
+denn	denn	KON	702395
+viel	viele	PIAT	701571
+Weg	Weg	NN	701365
+zurück	zurück	PTKVZ	700175
+Frauen	Frau	NN	699394
+Unternehmen	Unternehmen	NN	691582
+19	19	CARD	688297
+Bad	Bad	NE	687899
+Dabei	dabei	PAV	683732
+<	&lt;	$(	678641
+davon	davon	PAV	677298
+16	16	CARD	676435
+Vor	vor	APPR	676026
+Wie	wie	KOUS	675923
+gewesen	sein	VAPP	675012
+sechs	sechs	CARD	672901
+also	also	ADV	671003
+ging	gehen	VVFIN	667330
+Den	die	ART	664978
+statt	statt	PTKVZ	664835
+mich	ich	PRF	662916
+mit	mit	PTKVZ	662522
+gemacht	machen	VVPP	662393
+liegt	liegen	VVFIN	658448
+SPD	SPD	NE	656519
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+Montag	Montag	NN	626040
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+neun	neun	CARD	289088
+Berliner	Berliner	ADJA	289011
+200	200	CARD	288390
+blieb	bleiben	VVFIN	288030
+Raum	Raum	NN	287333
+nämlich	nämlich	ADV	287089
+Durch	durch	APPR	286209
+Jürgen	Jürgen	NE	285921
+setzt	setzen	VVFIN	284090
+Hans	Hans	NE	283791
+2000	2000	CARD	283705
+Partie	Partie	NN	283643
+Gesellschaft	Gesellschaft	NN	283250
+nächste	nah	ADJA	282763
+bislang	bislang	ADV	281922
+hoch	hoch	ADJD	281791
+Tor	Tor	NN	281770
+6.	6.	ADJA	281769
+weiterhin	weiterhin	ADV	281610
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++	+	KON	268875
+mindestens	mindestens	ADV	268364
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+Bis	bis	KON	265660
+gehören	gehören	VVFIN	265548
+bekannt	bekannt	ADJD	265374
+FDP	FDP	NE	265145
+beispielsweise	beispielsweise	ADV	264958
+Folge	Folge	NN	264566
+80	80	CARD	264463
+Zuschauer	Zuschauer	NN	264108
+Schulen	Schule	NN	263914
+berichtet	berichten	VVFIN	263655
+ihres	ihr	PPOSAT	263642
+solche	solche	PIAT	263201
+Franz	Franz	NE	263095
+Kunst	Kunst	NN	262976
+Deutsche	deutsch	ADJA	262602
+Bayern	Bayern	NE	261929
+wissen	wissen	VVINF	261580
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+braucht	brauchen	VVFIN	261124
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+spricht	sprechen	VVFIN	260596
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+Kritik	Kritik	NN	257457
+während	während	KOUS	257331
+eine	eine	PIS	257280
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+Hälfte	Hälfte	NN	255807
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+Sache	Sache	NN	255505
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+Eintritt	Eintritt	NN	253944
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+Spaß	Spaß	NN	253254
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+Geburtstag	Geburtstag	NN	252820
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